En la Ruta del Vino Montilla-Morles podemos descubrir lagunas temporales y permanentes que constituyen las Reservas y Parajes Naturales de las Zonas Húmedas del sur de Córdoba. Año tras año reciben agua que se carga con las sales de los materiales sobre los que discurre, convirtiéndolas en depósitos de agua salada, refugio de interesantes especies. Desde 1989 son Reservas Naturales por sus especiales valores como lugares de invernada y nidificación de aves migratorias.

Entre los diferentes paisajes de viñas, olivos, viñedos ecológicos y cultivos, discurren 6 lagunas entre diversos municipios que componen la Ruta del Vino Montilla-Moriles. En Aguilar de la Frontera se ubica la Laguna de Zoñar. Es la de mayor profundidad de Andalucía y está considerada el reino del pato Malvasía, el único pato europeo que lleva la cola siempre levantada, de grueso pico azulado y con unos requerimientos medioambientales muy especializados. Un Centro de Visitantes nos explica los valores de la zona y un observatorio nos permite contemplar la avifauna. En los alrededores hay dos senderos el de La Carrizosa, paseo de baja dificultad entre carrizos y eneas y el del Observatorio, también de baja dificultad.

La Laguna del Rincón, también en Aguilar de la Frontera, tiene agua permanente y es también lugar de reproducción del Malvasía. También habitan especies como el pato colorado, el ánade real, el somormujo y el zampullín chico. Existe un Punto de información, observatorio Laguna del Rincón, senderos y el Mirador Laguna Amarga.

La Laguna de Tíscar en Puente Genil, es Zona De Especial Protección para las Aves; en ella se han desarrollado comunidades microbianas de gran interés ecológico. Está repleta de carrizo, enea, junco y caña, además de vegetación subacuática. Desde su observatorio se puede disfrutar de la visión del mayor número de aves acuáticas de Córdoba. Existe una ruta señalizada desde Puente Genil que se inicia en la carretera de Aguilar A-309 dentro del pueblo. La distancia es de 22,5 Km. y la dificultad media. También en Puente Genil, el viajero podrá encontrar La Laguna Amarga, la cual presenta una alta concentración de sulfato de magnesio, de ahí su nombre.

Aconsejamos viajar hasta el municipio de Santaella, que recoge la mayor extensión de viñedo ecológico del mundo en la variedad de uva Pedro Ximénez, donde el turista puede realizar la ruta atravesando los viñedos hasta deleitarse con la Laguna del Donadío. Con aguas semi salobres, ocupando unas 12 hectáreas de superficie y alcanzando una profundidad de 3 metros, suponiendo un oasis para la vida.  El calendario anual de la laguna, es cambiante, y la presencia de unas u otras especies va a depender de la época del año. En invierno se pueden observar especies como el pato cuchara, cerceta común, ánade friso, cormorán grande y flamenco. Con la primavera llegan los visitantes estivales, destacando: avetorillo, canastera, avoceta, cigüeñuela o garza imperial. Sin embargo, hay aves sedentarias todo el año en este enclave, entre otras: ánade azulón, gallineta, garza real y aguilucho lagunero, que sobrevuela el espacio para poner un broche final a este disfrute de biodiversidad.

En la localidad de Lucena, ciudad más poblada seguida de Córdoba capital y con un gran patrimonio cultural-histórico, se encuentra La Laguna de los Jarales. Es la de menor tamaño y su volumen de agua desaparece casi por completo en verano.